เรือพระที่นั่งสุพรรณหงส์ลำปัจจุบัน สร้างขึ้นใหม่ในปลายรัชสมัย รัชกาลที่ 5 แล้วเสร็จในสมัยรัชกาลที่ 6 เมื่อพุทธศักราช 2454 โดยตั้งชื่อตามเรือพระที่นั่งโบราณของสมเด็จพระมหาจักรพรรดิแห่งกรุงศรีอยุธยา คือ เรือศรีสุพรรณหงส์ หรือ เรือพระที่นั่งชัยสุพรรณหงส์
ชื่อเรือพระที่นั่งอเนกชาติภุชงค์มาจากคำภาษาสันสกฤตว่า อเนกะชาตะภุชงฺคะ แปลว่า งูหลากหลายชนิดซึ่งสอดคล้องกับรูปโขนเรือที่ลงรักปิดทองมีลายรูปงูตัวเล็กๆ จำนวนมาก คำภาษาสันสกฤตคือ ภุชงฺคะ มีความหมายเดียวกันกับ นาคะ
ชื่อเรือพระที่นั่งอนันตนาคราช มาจากคำภาษาสันสกฤตว่า อนนฺตนาคราชะ มาจากคำ 3 คำ คือ อนนฺตะ (แปลว่า ไม่สิ้นสุด นิรันดร) นาคะ (แปลว่า นาค หรือ งู) ราชะ (แปลว่า เจ้านาย หรือพระราชา) ดังนั้นคำนี้จึงแปลได้ว่า อนันตะ ราชาแห่งนาค หรืองูทั้งหลาย
นารายณ์ทรงสุบรรณ มีความหมายเดียวกันกับ พระวิษณุทรงครุฑ เนื่องจาก นารายณะ (ไทยเรียก นารายณ์) เป็นพระนามหนึ่งของพระวิษณุ ส่วนสุบรรณ ก็เป็นชื่อเรียก ครุฑ หรือ พญาครุฑ พาหนะของพระวิษณุ ส่วนที่เติมสร้อยว่า รัชกาลที่ 9 เพื่อสื่อให้ประจักษ์ว่าเรือลำนี้สร้างขึ้นในรัชสมัยพระบาทสมเด็จ พระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดช รัชกาลที่ 9
เอกชัยเหินหาว และเอกชัยหลาวทอง เป็นชื่อเรือ 2 ลำคู่กัน ลักษณะใกล้เคียงกันคือหัวเรือเป็นรูปดั้งเชิดสูงงอนขึ้นไป ลงรักปิดทองเขียนลายรดน้ำรูปเหรา (อ่านเห-รา) ซึ่งเป็นสัตว์ในตำนาน ลักษณะคล้ายมังกรแต่มีหัวเป็นงูหรือนาค อย่างไรก็ตามเรือ 2 ลำนี้มีรูปลักษณ์ของหัวเรือที่ต่างกันอยู่บ้างเป็นที่สังเกตได้
ชื่อเรือ 2 ลำนี้คือ พาลีรั้งทวีปและสุครีพครองเมือง สะท้อนความรับรู้เรื่องรามเกียรติ์ พระราชนิพนธ์ในพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช (พุทธศักราช 2325 - 2351) เป็นวรรณกรรมที่ดำเนินเรื่องตามมหากาพย์รามายณะของอินเดีย
ชื่อเรือ 2 ลำนี้สะท้อนถึงอิทธิพลคัมภีร์ปุราณะของอินเดียที่มีต่อคตินิยมและศิลปกรรม ไทย ตามคัมภีร์ปุราณะครุฑเป็นเจ้าแห่งนกทั้งหลาย หรือเทพปักษิน ซึ่งผูกพันกับพระวิษณุ เพราะพระวิษณุทรงท่องไปในสวรรค์โดยมีครุฑเป็นพาหนะ
ชื่อเรือสองลำนี้มาจากคำภาษาสันสกฤต มีความหมายดังนี้ อสุรวายุภักษ์ แปลว่า “อสูรผู้มีลมเป็นอาหาร” อสุรปักษี แปลว่า “อสูรผู้เป็นนก” หัวเรือของเรือทั้งสองลำมีลักษณะคล้ายคลึงกัน คือมีร่างกายเป็นนก มีหัวหรือหน้าเป็นยักษ์
เรือเสือทะยานชล และเรือเสือคำรณสินธ์ุ เป็นเรือ 2 ลำที่ดัดแปลงมาจากเรือรบ (เรือที่ใช้ในการรบหรือการสงคราม) เป็นเรือนำกระบวนเรือพยุหยาตราชลมารค ในสมัยโบราณ เรียกเรือลักษณะนี้ว่า เรือพิฆาต
ทองขวานฟ้า แปลว่า ขวาน (ทำด้วย) ทอง ตกมาจากท้องฟ้า คนไทยโบราณมักเรียกขวานหินขัดสมัยก่อนประวัติศาสตร์ที่พบอยู่ในแหล่งต่างๆ ว่า ขวานฟ้า เพราะเชื่อว่าเป็นสิ่งที่ไม่ได้ทำขึ้นเอง แต่ตกลงมาจากท้องฟ้า
โขนเรือ: โขนเรือพระราชพิธีส่วนหนึ่ง ได้รับความเสียหายจากระเบิดเมื่อครั้งสงครามโลกครั้งที่ 2 ที่เห็นนี้เป็นส่วนหนึ่งของโขนเรือที่ได้นำมาเก็บรักษา และจัดแสดงให้ผู้สนใจได้เห็นถึงวิถีและความปราณีตของคนไทยที่มีต่อเรือ ทั้งที่ใช้ประกอบในพระราชพิธี และที่ใช้เพื่อการดำเนินชีวิตประจำวัน โดยจัดแสดงไว้ในโรงเก็บเรือพระราชพิธี ภายในพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ เรือพระราชพิธี
โขนเรือพระที่นั่งนารายณ์ทรงสุบรรณ (ของเดิม): โขนเรือที่เห็นนี้เป็นโขนเดิมที่ยกเลิกใช้งานและนำมาจัดแสดงไว้ที่พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ เรือพระราชพิธี ซึ่งตั้งอยู่ริมคลองบางกอกน้อย
