พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ ปราจีนบุรี  เป็นพิพิธภัณฑสถานประเภทประวัติศาสตร์โบราณคดีประจำภูมิภาคตะวันออก  จัดตั้งขึ้นเพื่อเป็นสถานที่จัดแสดงและรวบรวมโบราณวัตถุ  ศิลปวัตถุที่ได้จากแหล่งโบราณคดีต่าง ๆ ของภูมิภาคตะวันออกและพื้นที่ใกล้เคียง  ในเขตจังหวัดปราจีนบุรี  สระแก้วฉะเชิงเทรา  ชลบุรี  ระยอง  จันทบุรีและตราด  จัดแสดงเรื่องราวประวัติศาสตร์ของพื้นที่  ตั้งแต่การเข้ามาตั้งถิ่นฐานของมนุษย์ตั้งแต่ราวหมื่นปีมาแล้วจนกระทั่งถึงปัจจุบัน 

อาคารจัดแสดงเป็นอาคารสองชั้น  แบ่งการจัดแสดงออกเป็นเรื่องต่าง ๆ ดังนี้

      1. โบราณคดีสมัยประวัติศาสตร์ในภาคตะวันออก  จัดแสดงโบราณวัตถุที่ได้จากการสำรวจขุดค้นทางโบราณคดีโดยเฉพาะวัตถุจากเมือง  โบราณศรีมโหสถ  จังหวัดปราจีนบุรี  ซึ่งเป็นเมืองโบราณที่เจริญรุ่งเรืองตั้งแต่ราวพุทธศตวรรษที่   6 – 16 ในวัฒนธรรมทวารวดี  และในราวพุทธศตวรรษที่ 17 – 18 ในวัฒนธรรมเขมรโบราณ 

  2. โบราณคดีสมัยก่อนประวัติศาสตร์ในภาคตะวันออก  จัดแสดงโบราณวัตถุชิ้นสำคัญที่ได้จากการขุดค้นทางโบราณคดีจากแหล่งโบราณคดีโคกพนดี  และแหล่งโบราณคดีหนองโน  จังหวัดชลบุรี  ที่แสดงให้เห็นพัฒนาการตั้งถิ่นฐานของคนตั้งแต่อดีต  ก่อนพัฒนาเข้าสู่สมัยประวัติศาสตร์

        3. พัฒนาการประวัติศาสตร์ – โบราณคดีในประเทศไทย จัดแสดงโบราณวัตถุในสมัยต่าง ๆ ของประเทศไทย  ตั้งแต่สมัยก่อนประวัติศาสตร์จนถึงสมัยประวัติศาสตร์  ตั้งแต่ศิลปะทวารวดี  ศิลปะศรีวิชัย  ศิลปะล้านนา  ศิลปะเขมรโบราณ  ศิลปะสุโขทัย  ศิลปะอยุธยา และศิลปะรัตนโกสินทร์  รวมถึงเครื่องถ้วยในประเทศไทยในสมัยต่าง ๆ

       4. โบราณคดีใต้น้ำ  จัดแสดงโบราณวัตถุที่ได้จากแหล่งโบราณคดีใต้น้ำที่พบบริเวณอ่าวไทยของประเทศไทย  ซึ่งเป็นเส้นทางการเดินเรือที่สำคัญมาตั้งแต่ในอดีตจนถึงปัจจุบัน