ความเป็นมาของการก่อตั้งพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ พระปฐมเจดีย์ นั้นมีมูลเหตุมาจากความพยายามในการรวบรวมโบราณวัตถุที่กระจัดกระจายอยู่ภายในแขวงมณฑลนครชัยศรี กล่าวคือ ในราวปลายรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว (รัชกาลที่ 5) พระองค์ทรงโปรดให้มีการย้ายเมืองนครชัยศรีจากตำบลบ้านท่านา มายังบริเวณองค์พระปฐมเจดีย์ โดยขณะนั้นสมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมพระยาดำรงราชานุภาพ เสนาบดีกระทรวงมหาดไทย ทรงเล็งเห็นถึงความสำคัญในการรวบรวมโบราณวัตถุที่กระจัดกระจายอยู่ภายในแขวงมณฑลนครชัยศรี...