นิทรรศการ
นิทรรศการที่จัดแสดงภายในพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ เจ้าสามพระยา
ลักษณะเฉพาะที่มีปรากฏให้เห็นได้ในนิทรรศการที่จัดแสดงภายในพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ เจ้าสามพระยา การจัดแสดงโบราณวัตถุศิลปวัตถุภายในพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ เจ้าสามพระยา แบ่งเป็น 3 อาคารจัดแสดง อาคารที่ 1 จัดแสดงโบราณวัตถุประเภทเครื่องทอง พระพิมพ์ และพระพุทธรูป ส่วนอาคารที่ 2 จัดแสดงภาชนะดินเผาสมัยต่างๆ และอาคาร 3 เป็นเรือนไทยและศาลาไทยใช้จัดแสดงนิทรรศการหมุนเวียน
อาคารจัดแสดงที่ 1
ถือเป็นอาคารจัดแสดงหลักของพิพิธภัณฑ์ มีการจัดแสดงหลักๆ อยู่จำนวน 2 ชั้น การจัดแสดงนิทรรศการในบริเวณชั้นล่าง เน้นการจัดแสดงโบราณวัตถุประเภทพระพุทธรูปซึ่งมีทั้งสมัยทวารวดี ลพบุรี สุโขทัย และอยุธยา พระพุทธรูปชิ้นสำคัญคือ เศียรพระจากวัดธรรมิกราช ซึ่งคาดว่าน่าจะสร้างขึ้น ก่อนการสถาปนากรุงศรีอยุธยาหรือในช่วงต้นของกรุงศรีอยุธยา และพระพุทธรูปศิลาขาว ขนาดใหญ่ ศิลปะสมัยทวารวดี ซึ่งเคยประดิษฐานอยู่ที่บริเวณฐานพระเจดีย์ วัดพระเมรุ (ร้าง) จังหวัดนครปฐม นอกจากนั้นยังจัดแสดงงานเครื่องไม้ต่างๆ เช่น บานประตูแกะสลักรูปเทวดา จากวัดพระศรีสรรเพชญ์ หน้าบันรูปนารายณ์ทรงครุฑ จากวัดแม่นางปลื้ม และครุฑโขนเรือ ซึ่งเป็นหัวเรือพระที่นั่งในสมัยกรุงศรีอยุธยา การจัดแสดงนิทรรศการในบริเวณนี้เน้นโบราณวัตถุที่พบจากกรุวัดมหาธาตุ และกรุวัดราชบูรณะ โดยแบ่งพื้นที่ออกเป็น 2 ฝั่ง ทางฝั่งซ้ายมือหรือฝั่งทิศตะวันตกจัดแสดงพระบรมสารีริกธาตุจากวัดมหาธาตุ อยุธยา ซึ่งพบบรรจุอยู่ภายในผอบหินที่ฝังลึกลงไปในดินถึง 17 เมตร ส่วนห้องจัดแสดงทางฝั่งขวามือ หรือฝั่งทิศตะวันออกจัดแสดงโบราณวัตถุจากกรุวัดราชบูรณะ ซึ่งส่วนใหญ่ได้คืนจากการติดตาม จับกุมผู้ร้ายที่ลักลอบขุดกรุวัดราชบูรณะเมื่อ พ.ศ. 2500 ประกอบด้วย เครื่องราชกกุธภัณฑ์ เครื่องราชูปโภคทองคำ เครื่องทรงถนิมพิมพาภรณ์ พระปรางค์ทองคำ พระเจดีย์ทองคำ เครื่องราชบรรณาการ และเครื่องอุทิศต่างๆ ในสมัยอยุธยาตอนต้น
อาคารจัดแสดงที่ 2
ภายในอาคารจัดแสดง 2 มีตู้จัดแสดงโดยรอบ 2 ฝั่ง จัดแสดงเครื่องปั้นดินเผาตั้งแต่สมัยก่อนประวัติศาสตร์จนถึงรัตนโกสินทร์ ด้านในสุดจัดแสดงพระพุทธรูปหินทรายศิลปะลพบุรี และตำราสมุดไทยขาว สมุดไทยดำ
อาคารจัดแสดงที่ 3 (เรือนไทยและศาลาไทย)
เรือนไทย ปัจจุบันอาคารเรือนไทยจัดแสดงนิทรรศการชั่วคราว อันเป็นนิทรรศการเฉลิมพระเกียรติสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ เรื่อง “สมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ กับงานด้านประวัติศาสตร์และโบราณคดีที่พระนครศรีอยุธยา” เนื้อหาแบ่งเป็น 2 หัวข้อ
หัวข้อที่ 1 เกี่ยวกับพระมหากรุณาธิคุณของสมเด็จพระนางเจ้าฯ พระบรมราชินีนาถที่ทรงมีต่อโบราณสถานและแหล่งโบราณคดี โดยเฉพาะในพื้นที่ของจังหวัดพระนครศรีอยุธยา ทั้งนี้ได้คัดเลือกวัดไชยวัฒนาราม วัดส้ม และวัดภูเขาทองมานำเสนอ เนื่องจากเป็นวัดที่สมเด็จพระนางเจ้าฯ พระบรมราชินีนาถ เคยเสด็จทอดพระเนตร
หัวข้อที่ 2 เป็นการนำเสนอข้อมูลของวัดที่มีความน่าสนใจในแง่ประวัติศาสตร์และศิลปกรรมทั้งหมด 7 วัด ซึ่งล้วนเป็นวัดที่ไม่ค่อยมีผู้คนไปเยือน โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อเชิญชวนให้นักท่องเที่ยวไปเยี่ยมชมและสัมผัสกับแหล่งโบราณสถานที่อยู่นอกเหนือความนิยมบ้าง @ นิทรรศการชั่วคราวนี้จัดแสดงถึงเดือนเมษายน 2560
ศาลาไทย : นิทรรศการที่จัดหมุนเวียนใหม่ จัดแสดงนนิทรรศการเรื่อง “เครื่องทองอยุธยา มรดกของโลก มรดกของแผ่นดิน” เป็นนิทรรศการพิเศษที่จัดขึ้นในปี 2559 เพื่อเทิดพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว เนื่องในโอกาสทรงครองสิริราชสมบัติครบ 70 ปี ในปี 2559 โดยนิทรรศการเรื่องดังกล่าวเป็นการนำโบราณวัตถุส่วนหนึ่งของกรุพระปรางค์วัดราชบูรณะ และโบราณวัตถุประเภทเครื่องทองอีกหลายรายการที่พบจากวัดอื่นๆ ในจังหวัดพระนครศรีอยุธยา ซึ่งถูกแบ่งไปเก็บรักษาในคลังและจัดแสดงที่พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติพระนครกลับมาจัดแสดงที่พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติเจ้าสามพระยา เพื่อให้ประชาชนทั่วไปที่ไม่มีโอกาสหรือไม่เคย เห็นโบราณวัตถุเหล่านั้นได้ชื่นชมและศึกษา เนื้อหาภายในนิทรรศการ แบ่งออกเป็น 4 หัวข้อ
หัวข้อที่ 1 อธิบายถึงคติในการสร้างกรุ
หัวข้อที่ 2 กล่าวถึงวัดที่มีการพบโบราณวัตถุประเภทเครื่องทองภายในกรุ ได้แก่ วัดราชบูรณะ วัดมหาธาตุ วัดสุวรรณเจดีย์ และวัดพุทไธสวรรย์
หัวข้อที่ 3 แสดงภาพข่าวเมื่อปี 2499 และปี 2500 ที่มีการค้นพบเครื่องทองภายในกรุวัดมหาธาตุและวัดราชบูรณะ
หัวข้อที่ 4 อธิบายความหมายและลักษณะทั่วไปของทองคำ และแหล่งที่มาของทองคำในสมัยอยุธยา นอกจากนี้ยังได้จำลองลักษณะของกรุวัดราชบูรณะมาไว้ภายในห้องจัดแสดงเพื่อให้ผู้ชมสามารถเข้าใจได้ง่าย โดยนิทรรศการจะจัดแสดงถึงเดือนธันวาคม 2560